Pimpinan KPI berbentuk Presidum, yang anggotanya terdiri dari para Ketua Umum asosiasi pendukung KPI. Ketua Presidium dipilih dari salah seorang anggota Presidum, dan digilir kepada masing-masing Ketua Umum, setiap dua tahun. Ketua Presidium dapat mengangkat Wakil Ketua Presidium dan Sekretaris jenderal Presidum.
Struktur inti KPI terdiri dari tiga lembaga, yaitu:
- Sekretariat; yang melakukan operasional sehari-hari dan dipimpin oleh seorang Direktur Eksekutif.
- Lumbung; yang berfungsi untuk menghimpun dan mengelola keuangan.
- Badan Musyawarah; merupakan penampung dan pengambil keputusan atas segala pemasalahan yang timbul antar-asosiasi maupun antar-perusahaan dari anggota asosiasi yang berbeda.
Badan Musyawarah, terdiri dari tiga sublembaga, yaitu:
- Badan Musyawarah Profesi, untuk menangani hal-hal yang terkait dengan profesionalitas dari para praktisi anggota asosiasi. Terkait di sini bidang-bidang pendidikan dan pelatihan, pengadaan dan penyediaan rujukan, beasiswa, kunjungan profesi atau studi banding, dan konsultasi profesi. Mereka yang duduk dalam Mimbar ini diharapkan dapat dipilih dari yang mewakili perusahaan-perusahaan dengan sumberdaya yang baik dan cukup besar.
- Badan Musyawarah Etika, yang melakukan penegakan etika profesi (tata krama) dan etika bisnis (tata cara) beriklan. Khusunya terhadap kasus-kasus yang melibatkan para anggota dari asosiasi-asosiasi yang berbeda. Karena itu jumlah anggota Mimbar ini sebanding dengan jumlah asosiasi yang menjadi anggota KPI dan mereka mewaikli kepentingan asosiasinya masing-masing.
- Badan Musyawarah Sosial, yang menangani segala kegiatan sosial dari, dan atau untuk para anggota KPI. Kegiatan ini bisa berupa pertemuan informal antar anggota, bakti sosial, filantropi, olahraga, atau membuat forum-forum untuk lobi.
- Forum-forum pada Badan Musyawarah disebut Mimbar. Dengan demikian dikenal pula Mimbar Profesi, Mimbar Etika, dan Mimbar Sosial.
Terkait pertemuan informal dan lobi, PPPI dulu pernah memprakarsai forum Alligator. Forum ini asalnya bernama “all leaders get-together”, karena memang menjadi tempat berkumpul para pemimipin perusahaan. Tapi kemudian singkatannya diplesetkan menjadi jenis hewan buas itu.
Dari struktur inti itu jelas bahwa kelima lembaga di dalam KPI lebih berfungsi internal. Sedang fungsi eksternalnya sepenuhnya ditangani oleh Ketua atau Wakil Ketua dan atau Sekretaris Jenderal Presidium.